L’OM de Papin finit champion de France avec 73 points au compteur et remporte la Coupe de France en battant l’AS Monaco sur le score de 4-3. Cette coupe de France, qui offre un doublé à l’OM, est marquée par une finale de légende durant laquelle Jean-Pierre Papin inscrit un triplé crucifiant l’AS Monaco. En 1991-1992, Jocelyn Angloma arrive à l’OM pour renforcer le flanc droit de la défense. Lors de la saison 1998-1999, l’OM fête son centenaire et investit sur de nombreux joueurs de talents : le gardien Stéphane Porato, les milieux Robert Pirès, maillot de foot psg Peter Luccin et Jocelyn Gourvennec ou encore les attaquants Florian Maurice et Christophe Dugarry. Sur la scène européenne, après avoir une nouvelle fois terminé troisième de leur groupe de Ligue des champions derrière Liverpool FC et l’Atlético Madrid, l’OM est reversé en Coupe UEFA. Les hommes de Gérard Gili survolent le championnat et décrochent un nouveau titre de champion de Division 1. Sur la scène européenne, l’OM atteint puis les demi-finales de la Coupe d’Europe des clubs champions en 1990 face au Benfica Lisbonne. L’OM doit déposer le bilan et se voit contraint de disputer une nouvelle saison en deuxième division. Une nouvelle fois champion de Division 1, l’OM est éliminé prématurément au deuxième tour de la Ligue des champions par les Tchèques du Sparta Prague.
Toutefois, le 22 avril 1994, à la suite de l’affaire VA-OM, le conseil fédéral de la Ligue de football décide de rétrograder le club en deuxième division mais laisse la possibilité à l’OM de disputer la Coupe UEFA 1994-1995. La rétrogradation du club le conduit à la faillite étant donné que les recettes liées aux droits télés de deuxième division étaient dix fois inférieures à celles de première division. Pour son retour dans l’élite du football français, les dirigeants olympiens décident de garder une grande partie de l’effectif qui a permis la remontée. Le match retour a donc lieu à l’Etihad Stadium. Pour la saison 2006-2007, Albert Emon qui prône un jeu offensif devient l’entraîneur principal en lieu et place de Jean Fernandez et le club fait signer notamment l’attaquant international français Djibril Cissé en prêt du club anglais de Liverpool FC. Le premier match a lieu à Braga, au Portugal, et les joueurs phocéens s’inclinent 3-2. Majoritairement dominés durant la rencontre dont une première mi-temps qualifiée d’indigente, ils sont menés 2-0 puis égalisent à 2-2 entre les quatre-vingt-quatrième et quatre-vingt-septième minutes grâce à Romain Alessandrini et Michy Batshuayi. En effet, de nombreux joueurs partent et plusieurs entraîneurs se succèdent.
En effet, Gérard Gili est remplacé par l’Allemand Franz Beckenbauer en septembre 1990. Ce dernier ne restera que quelques mois à Marseille. En décembre 1996, l’homme d’affaires Robert Louis-Dreyfus est appelé par la mairie de Marseille pour devenir l’actionnaire principal et mécène de l’OM. Avec cette qualification pour la Ligue des champions et le départ de Franck Ribéry au Bayern Munich, l’OM se montre très actif lors du mercato d’été 2007-2008, avec notamment les arrivées de Boudewijn Zenden, Benoît Cheyrou ou encore Steve Mandanda. Très vite, les résultats positifs s’enchainent et le club réalise notamment deux performances de très grande qualité en Ligue des champions qui lui permet d’éliminer l’Atlético de Madrid au stade des huitièmes de finale. Il n’est pas remplacé et c’est Olivier Létang, son adjoint depuis le 17 septembre 2012, qui prend en charge le secteur sportif tout en conservant cependant sa qualité de « directeur sportif adjoint ».
Le défenseur nordiste Jacques Glassmann a confié à son entraîneur Boro Primorac que Jean-Jacques Eydelie, un joueur de Marseille qui fut auparavant l’un de ses coéquipiers, l’a contacté par téléphone avant le début de la rencontre. Entraîneur de 45 ans en début de saison, il commence sa carrière à Mayence en 2009. Tout juste promu, il stabilise le club en Bundesliga et le qualifie même en Ligue Europa à deux reprises avant de partir en 2014. Un an plus tard, il rejoint le Borussia Dortmund succédant à nouveau à Jürgen Klopp, entraîneur charismatique du club de la Ruhr (qui était aussi passé par Mayence). Le club finit 6e et se qualifie pour les barrages de la 2e édition de la Ligue Europa. À la suite d’un désaccord avec le propriétaire du club Robert Louis-Dreyfus, le technicien belge Eric Gerets annonce son départ du club en fin de saison. Il rejoint toutefois son équipe juste à temps pour la finale face aux brésiliens de Palmeiras que Chelsea remporte 2-1 après prolongations. L’année suivante, en 2001, Silva joue dans un tournoi de football à Sao Paulo en espérant attirer les grands clubs brésiliens. Le Parc des Princes est le stade résident de l’équipe de France de football de 1972 à 1997; soit durant 25 années.